舞臺設(shè)定在了地球以外的其他星球。人們把自己所在的星球稱為“大空陸”。在那里，人類一出生就必須以“女性”的身份生活。等到17歲的時候到“泉”那里選擇性別而成為大人的時刻。為了奪取主人公等所在的宮國所持有的珍貴引擎，鄰國開始了日益激烈的侵略。為了迎擊敵國，宮國被迫將儀式用復(fù)座式飛行艇“Simoun”改造成了戰(zhàn)斗用戰(zhàn)艦。還需要未性別化的“巫女”被派遣擔(dān)任駕駛員，于是她們成為了被稱為“coru”的戰(zhàn)斗小隊成員。